Městské symboly

Oficiální popis vlajky zní: Červený list s bílým ondřejským křížem s rameny vycházejícími z první a čtvrté čtvrtiny žerďového a vlajícího okraje. Poměr šířky k délce je 2:3.

Historie:
     Historie vzniku vlajky je poměrně krátká. Zastupitelstvo města dne 6.6.1999 odsouhlasilo návrh na podobu městské vlajky a tento návrh byl postoupen parlamentnímu podvýboru pro heraldiku. Tam byla posouzena vexilologická správnost návrhu, estetická úroveň i originalita. Heraldický podvýbor, složený z odborníků z oblasti heraldiky i, prachatický návrh bez doplňujících změn schválil. (Pozn. Vexilologie = nauka o vlajkách)
      Právo užívat městskou vlajku má město od 6. prosince 1999, kdy starosta města Ing. Jan Bauer převzal při slavnostním aktu v prostorách Poslanecké sněmovny Parlamentu České republiky z rukou předsedy Poslanecké sněmovny Václava Klause dekret opravňující Město Prachatice používat svoji vlajku.
      Občanům města byla vlajka slavnostně předána 6.4.2000.

Zdůvodnění podoby vlajky:
     Autoři návrhu Mgr. Pavel Fencl a MUDr. Jan Antonín Mager, vycházeli z heraldických a vexilologických zásad, které se musí při tvorbě návrhu uplatnit.
     Barevnost je tedy závazná a musí vycházet z heraldických barev, které jsou na prachatickém městském znaku tedy červené a stříbrné.
     Motiv ondřejského kříže vznikl stylizací heraldického prvku v městském znaku - zkřížených klíčů. Tato zjednodušená podoba umožňuje užívání vlajky i ve značném zmenšení, aniž dojde ke zkreslení smyslu.