V roce 2000 proběhla v Prachaticích rozsáhlá rekonstrukce Velkého a Kostelního náměstí. Provázel ji záchranný archeologický výzkum, který trval nepřetržitě od května do října. Jednalo se o dosud největší archeologickou akci na území historického jádra Prachatic, při které se spojili pracovníci Prachatického muzea a Jihočeského muzea v Českých Budějovicích. Výzkum přinesl řadu nových nálezů a poznatků o nejstarší historii města.
Založení Prachatic se na základě historických zpráv klade na samotný přelom 13. a 14. století, tj. na konec velké vlny zakládání měst, která v českých zemích vyplnila téměř celé 13. století. Ve světle nových objevů na Velkém náměstí se na tomto předpokladu nemusí mnoho měnit, ale náš dosud velmi povšechný a neostrý obraz se nyní poněkud zaplnil a po zpracování a důkladném rozboru všech nálezů se snad i poněkud zaostří. Je možné, že se nám počátky nového města pod Libínem posunou hlouběji do 13. století, než jsme dosud předpokládali. Rozloučit se také můžeme s představou jednorázového plánovitého vyměření a založení města tzv. na "zeleném drnu".
Před vznikem náměstí a sítě ulic se zde nacházela řada jednoduchých stavení, o jejichž úloze a účelu zatím existuje několik pracovních teorií. Buď se jednalo o předlokační osadu na Zlaté stezce, která mohla poskytovat servis projíždějícím karavanám, nebo o první obydlí budovatelů města - zemnice a povrchové stavby, které byly postupně nahrazovány dřevěnými a kamennými domy, rostoucími na ploše vyměřeného města. Jak to skutečně bylo s počátky Prachatic, to se přesněji dozvíme až po podrobném vyhodnocení a zpracování celého výzkumu. Také budoucí archeologické výzkumy a nálezy jistě přinesou nové poznatky, které náš dosavadní obraz mohou doplnit nebo i pozměnit.
